NRGene, líder en análisis genómico reconocido en todo el mundo, ha sido el primero en ensamblar el complejo genoma de la fresa de cultivo comercial.
La mayoría de los genomas vegetales, animales y humanos son diploides, es decir, contienen dos variantes de cada gen. El genoma de la fresa contiene ocho copias casi idénticas de cada gen, por lo que el ensamblaje preciso de cada uno de ellos es algo que jamás se había hecho antes, hasta que llegó DeNovoMAGICTM 3.0, de NRGene.
El genoma octoploide y heterocigótico de la fresa fue ensamblado utilizando las lecturas procedentes de la tecnología de secuenciación Illumina y mediante el paquete de software basado en la nube DeNovoMAGICTM 3.0, de NRGene, en tan solo dos semanas.
"Es emocionante ver cómo el análisis de NRGene, combinado con datos de los secuenciadores de Illumina, se pueden emplear para ensamblar de forma rápida y asequible genomas complejos como el de la fresa", afirma Ryan Rapp, director asociado de Agrigenómica para Illumina. "Esperamos que esta tecnología sea accesible para los investigadores agrícolas de todo el mundo y ayude a mejorar el suministro de alimentos, haciéndolo más sostenible y eficiente".
DeNovoMAGICTM 3.0 permite ensamblar genomas completos y con alta precisión en forma de largas secuencias en fases mediante lecturas basadas en Illumina. Dado que se generan más genomas, PanMAGICTM, de NRGene, se emplea para comparar las secuencias de genoma completas de numerosas muestras individuales con el objetivo de captar la amplia diversidad genómica, identificando mejor los rasgos positivos de todas las variedades.
"Con los datos de NRGene, los obtentores de fresas podrán acelerar el lanzamiento de fresas de mejor rendimiento y crear variedades más fuertes y resistentes a enfermedades con vidas útiles más largas", explica Sachiko Isobe, responsable del laboratorio de genómica vegetal y genética en el Instituto Kazusa de Investigación de ADN de Japón.
"El ensamblaje del genoma de la fresa demuestra que incluso los genomas más complejos se pueden mapear de forma rápida y precisa", apunta Gil Ronen, director general de NRGene. "El máximo valor de nuestra tecnología es que se puede utilizar para analizar y ensamblar cualquier genoma de cualquier especie".
Los detalles están disponibles en: nrgene.com/strawberry-results/
El proyecto se ha realizado en cooperación con el Instituto Kazusa de Investigación de ADN de Japón y ha contado con el apoyo del Ministerio de Agricultura, Silvicultura y Pesca del país.
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